本发明涉及针对利用燃料电池的水下交通工具的热回收和温度控制。在本文中所描述的实施方式为水下交通工具提供SOFC的热回收和温度控制。交通工具包括SOFC、围绕SOFC的隔热箱、冷却回路、以及斯特林发动机。冷却回路具有热交换器和冷却泵。热交换器将冷却回路热耦至水。斯特林发动机具有热耦接至所述隔热箱内部的第一端和热耦接至所述冷却回路的第二端。冷却泵基于泵控制信号改变斯特林发动机的第二端的散热速率。热管理控制器,监测所述SOFC的阴极出口的温度,并改变泵控制信号以将阴极出口的温度保持在温度范围内。