本发明公开了基于半导体材料和相变材料的燃料电池热管理方法及系统,该方法包括:利用电解液配置过程中产生的热量进行发电,以及对其储存,发电产生的电能为循环泵供电,以使循环泵启动;利用启动后的循环泵将电解液箱中的电解液压入燃料电池、使燃料电池开始工作,并利用半导体材料和相变材料对燃料电池进行热管理;该系统包括通过管路相连通的电解液箱、循环泵及燃料电池,在电解液箱外设置有半导体材料层和相变材料层,半导体材料层热端朝向电解液箱;本发明能够回收和利用电解液配置过程中产生的热量,不仅解决了电解液配置过程中的散热问题,而且为循环泵提供了启动电源,所以本发明具有能量利用率高等突出优点。