本发明涉及一种氢燃料电池汽车水热管理系统,包括通过管路依次连通形成循环回路的燃料电池、主水泵和加热器,还包括三通阀一,三通阀一的进口通过管路与燃料电池的出口连通,其中一出口通过管路与主水泵连通,另一出口通过管路与汽车客舱内的供暖设备的进口连通,供暖设备的出口通过管路与三通阀一和主水泵之间的管路连通;燃料电池和加热器之间的管路与三通阀一和供暖设备之间的管路通过加热回路连通,加热回路上安装有阀门;本发明还提供一种氢燃料电池汽车水热管理系统的控制方法。本发明的有益效果是优化了汽车客舱无需供暖时冷却液的流动路径,保证系统正常运行的同时提升了汽车客舱内的供暖能力,节约能耗。