本发明公开了一种燃料电池热管理系统,包括:内循环回路和外循环回路;其中:内循环回路包含燃料电池电堆,外循环回路不包含燃料电池电堆,内循环回路和所述外循环回路通过热交换器相连。本发明通过内循环回路和外循环回路构成的多回路结构,可以满足燃料电池复杂的工况需求,能够快速实现燃料电池系统热平衡,保障燃料电池工作在最佳温度范围内。本发明还公开了一种燃料电池热管理方法。