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本发明公开了一种燃料电池系统的可靠性仿真分析方法及系统,方法具体步骤为：建立系统故障树,确定底层零部件故障率范围和失效概率函数,根据零部件故障率范围确定地产生相应sigma点和对应权值,确定每次仿真总时间,将总时间等分为时间段,代入一个sigma点数据,随机抽样产生每个零部件的失效概率,计算得出相应失效时间,结合系统故障树函数,得到系统故障时间,多次仿真后,统计故障时间数据,剔除超出偏差范围的仿真数据,根据每个sigma点代入仿真后的结果和相应权值,估计出系统可靠性指标的期望值；本发明方法克服了无迹变换对于高度非线性系统计算精度大为降低的弱点,也大大减少了蒙特卡洛仿真次数,节约了时间和硬件成本。